Фамилия Похитунова образована от мужского прозвища или нецерковного имени Похитун. В её основе лежит глагол «похитить» — украсть, похитить. Прозвищем Похитун могли назвать человека, промышлявшего воровством, или того, кого однажды уличили в краже. В русских говорах слово «похитный» имело и более широкий смысл — ловкий, хитрый, умеющий добыть нужное. Так что прозвище не обязательно указывало на преступника: им могли наградить изворотливого, смекалистого человека, который умел выкрутиться из любой ситуации.

Суффикс -ов- в основе Похитунов — стандартный патронимический формант, указывающий на принадлежность: «сын Похитуна». Женская форма Похитунова, как и в подавляющем большинстве русских фамилий, образована по той же модели, что и мужская, но с окончанием -а. Фамилия — относительно редкая. Она почти не встречается в центральных и северных областях России, но фиксируется в южных регионах, в частности в Ростовской области и Краснодарском крае. Это может говорить о том, что фамилия закрепилась в казачьей или однодворческой среде, куда прозвища с «бытовой» семантикой попадали чаще, чем в среду крепостного крестьянства.

Интересно, что у фамилии Похитунов есть близкие «родственники» — Похитов, Похилько, Похилый. Но если Похитов мог произойти от слова «похить» (добыча, кража) или от диалектного «похитный» (ловкий), то Похитунов — более экспрессивная форма, с суффиксом -ун-, который в русском языке часто придаёт прозвищу оттенок деятеля или постоянного свойства: говорун, драчун, бегун. Похитун — тот, кто постоянно или однажды проявил качество, связанное с похищением.

В дореволюционных метрических книгах фамилия встречается редко, что подтверждает её локальный характер. В советское время носители фамилии расселились шире, но численно она так и осталась малораспространённой. Сегодня Похитуновых можно встретить в крупных городах, но их немного — это не массовая фамилия, а скорее «кабинетная» редкость для генеалогов.