Фамилия Похитонов образована от личного прозаища Похитон, и это классический пример русской фамилии-«отчества», застывшей в форме притяжательного прилагательного с суффиксом -ов. То есть буквально она отвечает на вопрос «чей?»: сын, внук или потомок человека по прозвищу Похитон. Сам суффикс -ов указывает на то, что фамилия оформилась в среде великорусского населения, хотя корень у нее, вероятно, южный.

Скорее всего, прозвище Похитон происходит от украинского диалектного слова «похит» — «качание, раскачивание». В этом случае прозвище могли дать человеку с характерной походкой вразвалку, либо тому, кто работал с чем-то зыбким, неустойчивым, например, перевозчиком через реку. Менее вероятной выглядит версия о связи с эстонским словом põhitüüp («прообраз») — она экзотична, но лингвистически и исторически почти не подкреплена, так как для южнорусских и украинских земель, откуда, по всей видимости, пошел род, эстонское влияние нехарактерно. Поэтому версию с «качанием» можно считать основной, а эстонскую — лишь курьезным совпадением звучания.

Самый известный носитель фамилии — Иван Павлович Похитонов (1850–1923), русский художник, мастер пейзажа, близкого к барбизонской школе. Его называли «миниатюрными перлами» — так отзывался о его работах Илья Репин. Похитонов писал преимущественно пейзажи, часто на небольших дощечках, добиваясь изысканных тональных эффектов: ранние его работы сдержанны, серовато-жемчужны, поздние — более романтичны и теплы по настроению. Интересно, что художник много лет жил в Европе, но фамилия его сохранила отчетливый славянский облик.

О точном месте и времени возникновения фамилии говорить сложно: процесс формирования русских фамилий растянулся на несколько столетий, а прозвища вроде Похитона могли закрепляться в разных губерниях независимо друг от друга. Тем не менее, перед нами живой памятник славянской письменности и культуры, который сохранил в себе отзвук диалектного слова и народной наблюдательности.