Фамилия Полковницкая — яркий пример того, как воинское звание стало родовым именем. В её основе лежит слово «полковник» — командир полка, один из высших офицерских чинов. Однако, в отличие от распространённых «офицерских» фамилий вроде Полковникова или Капитанова, здесь работает редкая модель: суффикс -ск- и окончание -ая. Такое окончание типично для женской формы фамилии, но в данном случае оно указывает на происхождение от географического названия. То есть Полковницкая — это не «дочь полковника», а скорее «женщина из Полковницкого» — из села, деревни или усадьбы, владельцем которой был полковник, либо которая называлась Полковники, Полковницкое.

Вероятнее всего, фамилия сформировалась в среде украинского или южнорусского казачества, где в XVII–XVIII веках звание «полковник» было не только военным, но и административным. Полковники возглавляли полки — военно-территориальные единицы, и их владения (хутора, сёла) нередко получали название по чину хозяина. Крестьяне, переселившиеся из такого имения, получали прозвище «полковницкие», а затем и фамилию. Встречается она преимущественно на юге России и в восточной Украине, особенно в бывших землях Войска Запорожского.

Суффикс -ск- в русских фамилиях традиционно указывал на дворянское или шляхетское происхождение, но в народной среде он закрепился как признак территориальной принадлежности. Поэтому Полковницкая — не обязательно потомок офицера. Чаще это фамилия крестьян или однодворцев, чьи предки жили в местности, связанной с полковничьим чином. Встречаются и варианты написания через «о» — Полковницкой, а также мужская форма Полковницкий, которая в быту могла упрощаться до Полковникова.

С точки зрения словообразования, фамилия уникальна: она не образует типичной пары «мужская — женская» через -ов/-ев, а сохраняет архаичную адъективную форму, свойственную южнорусским и украинским фамилиям. В дореволюционных метрических книгах Полковницкие чаще всего записаны мещанами и государственными крестьянами, что подтверждает её «географическое», а не сословное происхождение.