Фамилия Полковниченко образована от прозвища Полковнич. По одной из версий, оно ведет свое начало от нарицательного «полковник» - «офицерское звание в вооруженных силах». Чин полковника впервые был введен в стрелецком войске Ивана Грозного. Это звание получали опытные военачальники, как правило, знатного сословия. В XVI веке термин «полковник» использовался в России как наименование лиц, командовавших полками. После преобразования стрелецких приказов в 1681 году в полки командиры последних также стали именоваться полковниками (вместо чина «голова приказа»). Полковниками назывались также командиры полков в Украинском казачьем войске и Запорожской Сечи. Вероятно, прозвище Полковнич содержало указание как на род деятельности, так и на социальное положение основателя фамилии. Согласно другой гипотезе, основой для прозвища послужило существительное «полк» со значением «войско, ополчение». Соответственно, Полковничем могли называть воина. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Полковнич, со временем получил фамилию Полковниченко.