Фамилия Полковник — редкий случай, когда прозвище, ставшее фамилией, совпадает с воинским званием. Но связь здесь не прямая: вряд ли предок был полковником в современном понимании. Чаще всего так в народе называли человека за властный, командный нрав, за манеру распоряжаться или за важную осанку. В крестьянской и казачьей среде прозвище Полковник могли дать и тому, кто руководил артелью, организовывал работы или просто любил «командовать парадом». Иногда так звали сына или внука реального полковника, но для XVI–XVII веков это маловероятно: звание было редким и принадлежало только стрелецким и казачьим командирам, а фамилии у простых людей тогда только начинали складываться.

Слово «полковник» пришло в русский язык из польского (pułkownik) в Смутное время, вытеснив более древнее обозначение «полковой воевода». Поэтому фамилия Полковник — относительно поздняя, её не встретишь в документах ранее XVII века. По модели образования она стоит особняком: суффикс -ов/-ев отсутствует, а это значит, что основа осталась в чистом виде, без притяжательного окончания. Такие «голые» фамилии (Солдат, Кузнец, Дьяк) типичны для украинской и южнорусской традиции, где прозвище часто переходило в фамилию без изменений. На севере и в центральной России скорее сказали бы Полковников.

Есть и вторая версия, менее очевидная: в некоторых говорах «полковником» называли не человека, а предмет — длинный шест или жердь, которой подпирали стог сена. Если прозвище дали долговязому и худому парню, то оно могло закрепиться за родом уже по внешнему признаку, а не по чину. Эту гипотезу поддерживает словарь русских фамилий Б. Унбегауна, где он отмечает, что воинские звания в фамилиях часто оказываются вторичными, а первичное значение — бытовое или ироничное.

Географически фамилия Полковник встречается рассеянно, без выраженного гнезда. Чаще всего — на юге России, в бывших казачьих областях (Кубань, Дон) и на востоке Украины. В ревизских сказках XIX века попадаются Полковники из мещан и однодворцев — то есть из людей, которые никогда не служили офицерами. Так что, скорее всего, ваш предок был не военачальником, а просто человеком с характером, за который его и прозвали.