Фамилия Полковникян — редкий случай, когда русское по происхождению слово получило армянское оформление. В основе лежит воинское звание «полковник», а суффикс -ян (в старой орфографии часто -янц) указывает на принадлежность к роду. Такую фамилию могли дать либо сыну полковника, либо, что вероятнее, человеку, который служил у полковника или каким-то образом был с ним связан — например, крепостному, принадлежавшему помещику-полковнику, или солдату из его полка.

Модель образования здесь смешанная: русский корень + армянский патронимический суффикс. Это типично для фамилий, возникших в среде армян, живших на территории Российской империи, особенно в Закавказье и на юге России. В армянской среде фамилии на -ян часто образовывались от имён, прозвищ и профессий, но заимствование именно русского военного термина — яркая примета XIX века, когда армяне активно служили в русской армии и интегрировались в имперскую администрацию.

Слово «полковник» в русском языке известно с XVII века и происходит от «полк» с суффиксом -овник, обозначавшим начальника. В армянском варианте фамилия могла звучать и как Полковникянц, что сохраняло более старую форму родительного падежа множественного числа («из рода полковников»). Со временем конечное -ц в бытовой речи отпало, и закрепился вариант на -ян.

Встречается фамилия преимущественно у армян, чьи предки были связаны с военной службой или проживали в регионах, где русская армия имела сильное присутствие — на Кавказе, в Крыму, в Ростовской области. Носители фамилии Полковникян есть и в современной Армении, и в армянских диаспорах России и других стран.

С точки зрения словообразования, это один из немногих примеров, когда воинское звание, не ставшее личным именем, напрямую легло в основу фамилии. В отличие, скажем, от фамилий Капитанов, Майоров, Генералов, где суффикс -ов указывает на «сына капитана» или «человека капитана», здесь армянский суффикс выполняет ту же функцию, но с другой этнической окраской.