Фамилия Пологутова — женская форма фамилии Пологутов, и её происхождение неочевидно на первый взгляд. В основе лежит прозвище или мирское имя, которое можно разобрать по составу. Корень «поло-» здесь не обязательно связан с «полем» или «половиной»; скорее всего, это вариант древнерусского слова «полог» — занавес, покрывало, навес. Второй элемент «-гут» — более редкий и спорный. Скорее всего, это диалектное или искажённое «гуд» (гудеть, гудок) или «гут» (от немецкого gut — «хороший», но для крестьянского прозвища это маловероятно).

Самая правдоподобная версия: прозвище Пологут могли дать человеку, который изготавливал или торговал пологами (ткаными навесами, балдахинами), либо тому, кто жил под пологом — в укрытии, в шалаше. Суффикс «-ут» в прозвищах встречается редко, он характерен для северных и сибирских говоров (сравните: Горбут, Косут, Толстут). Это указывает на возможное происхождение фамилии из северных или уральских регионов России, где такие модели словообразования были живы.

Фамилия Пологутов (и Пологутова) не относится к числу распространённых. Встречается в основном на Урале, в Пермском крае и в Сибири, что подтверждает гипотезу о диалектном корне. Сословно предки могли быть как крестьянами, так и ремесленниками — ткачами или торговцами холстом. В дворянских родословных книгах эта фамилия не зафиксирована, что типично для прозвищных фамилий, возникших в простонародной среде в XVII–XVIII веках.