Фамилия Полоникова — женская форма фамилии Полоников, и её разбор стоит начать с суффикса. Модель образования проста: основа Полоник- плюс суффикс -ов, что типично для русских фамилий, возникших как притяжательные прилагательные («чей?» — Полоников, то есть сын или потомок Полоника). Ударение в исходной форме, скорее всего, падает на второй слог: Поло́ников.

Самая очевидная и правдоподобная версия происхождения основы — от прозвища или профессии. В основе лежит слово «полоник» — так в русских говорах, особенно на севере и в Сибири, называли большую разливательную ложку, черпак, а также меру сыпучих тел. Человек, делавший такие ложки, торговавший ими или получивший прозвище за любовь к еде, мог стать Полоником. Его дети и внуки со временем закрепили это прозвище как фамилию. Менее распространённая, но возможная версия — от географического названия, например, от речки Полоны или населённого пункта с похожим корнем, хотя таких топонимов в центральной России немного.

Встречаются фамилии с тем же корнем — Полонин, Полонников, Полоников. Разница в суффиксах и окончаниях может указывать на разные регионы или время возникновения. Например, фамилии на -их (Полонихин) более характерны для северных областей, а на -ов — для южных и центральных. Полоникова — фамилия нечастотная, её носители встречаются в разных уголках России, но наибольшая концентрация, по данным современных телефонных справочников, фиксируется в Волгоградской и Ростовской областях, а также в Сибири, что косвенно подтверждает версию о бытовом прозвище, распространённом в крестьянской среде.

Сословно фамилия, скорее всего, принадлежала крестьянам или мещанам, так как в дворянских родословных книгах она не фиксируется. Ономастические словари, например работы Б. Унбегауна, относят подобные фамилии к разряду «профессиональных» или «прозвищных», не давая однозначной привязки к конкретному региону, но подчёркивая их бытовой, народный характер.