Фамилия Полонникова ведет свое начало от прозвища Полонник. В его основе лежит старославянское слово «полон», то есть «плен». В этом случае можно предположить, что предок человека с фамилией Полонникова долгое время был в плену. Возможно также, что прозвище Полонник восходит к однокоренному глаголу «полонять» со значением «подавлять, побеждать силой». Поэтому Полонником могли называть человека с суровым нравом. Наконец, не исключено, что прозвище Полонник образовано от названия селения Полонь, расположенного в Хмельницкой области. Сам топоним восходит к нарицательному «полонь» - «чистое, безлесное место». Соответственно, основатель рода Полонниковых мог быть уроженцем этого населенного пункта. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Полонник, со временем получил фамилию Полонникова.