Фамилия Полонников образована от личного прозвища и принадлежит к распространенному типу русских фамилий, имеющих свои корни в старославянском языке. Основой для данной фамилии стало прозвище Полонник, которое, в свою очередь, восходит к слову «полон», означающему «плен». Это позволяет предположить, что предок человека с фамилией Полонников мог долгое время находиться в плену, что также могло отразить определенные жизненные обстоятельства или статус в обществе.

Существует и другая версия происхождения прозвища Полонник, связывающая его с глаголом «полонять», который имеет значение «подавлять» или «побеждать силой». В этом контексте фамилия могла быть присвоена человеку с суровым нравом или выдающимися боевыми качествами.

Не исключено также, что прозвище имеет топонимическое происхождение, происходящее от названия селения Полонь в Хмельницкой области. Топоним, в свою очередь, восходит к слову «полонь», что означает «чистое, безлесное место». Это ведет к мысли, что основатель рода Полонников мог быть уроженцем этого населенного пункта, что добавляет географическую привязку к фамилии.

Фамилия Полонников, как и многие другие, возникла в результате длительного процесса формирования фамилий в России, поэтому точно определить время и место её возникновения сложно. Тем не менее, она представляет собой интересный памятник славянской письменности и культуры, отражая как личные качества предков, так и их связь с местом проживания.