Фамилия Полоников образована по модели, характерной для русского Севера и Поволжья: основа плюс суффикс -ик, к которому добавили притяжательный суффикс -ов. В итоге Полоников — «сын Полоника». Но что такое «Полоник»?

Чаще всего так называли человека, который занимался изготовлением или продажей полок. Не тех, что книжные, а деревянных поло́ков — так в северных и сибирских говорах называли широкие сани, розвальни, а иногда и простую деревянную платформу для перевозки грузов. Полоник — мастер, делавший такие сани, или возчик, работавший на поло́ке. Фамилия могла закрепиться за плотником или крестьянином, чей промысел был связан с этим видом транспорта.

Вторая версия, менее очевидная, отсылает к неканоническому имени Полоник. В старых русских именах встречались прозвища, образованные от глагола «полонить» — взять в плен. Полоником могли назвать бывшего пленника или, наоборот, захватчика. Но эта версия уступает первой по распространённости: в документах XVII–XVIII веков Полониковы встречаются именно в северных уездах, где полозной промысел был обычным делом.

Фамилия редкая. Она не попала в массовые списки дворянских или купеческих родов, а значит, предки Полониковых — скорее всего, государственные или монастырские крестьяне, ремесленники, жившие на севере или в Приуралье. Встречаются варианты написания: Поло́нников (с двумя «н») — от слова «полонный», то есть пленный, но это уже другая ветвь, не родственная Полониковым.