Основой фамилии Полонина послужило церковное имя Аполлон. Скорее всего, фамилия Полонина восходит к мужскому имени Аполлоний (греч. — «губительный»), а точнее к его просторечной форме — Полоня. Менее вероятно, что фамилия Полонина образована от прозвища Полоня, которое восходит к нарицательному «полонь» - «чистое, безлесное место». Можно предположить, что основатель рода Полониных жил в такой местности. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Полоня, со временем получил фамилию Полонина.