Фамилия Полонина образована от церковного имени Аполлон, которое в свою очередь связано с греческим именем Аполлоний, означающим «губительный». Вероятнее всего, фамилия восходит к просторечной форме этого имени — Полоня. Такой вариант объясняет, почему носители фамилии могут быть связаны с именем Аполлон, а также указывает на распространение имени среди православных.

Существует также менее вероятная версия, что фамилия Полонина могла образоваться от прозвища Полоня, которое происходит от нарицательного слова «полонь», означающего «чистое, безлесное место». Это может указывать на то, что предки обладателя фамилии жили в такой местности, что, в свою очередь, предполагает их связь с природой и сельским образом жизни.

Таким образом, фамилия Полонина может отражать как личное имя, так и географическую привязку, что характерно для многих русских фамилий. Вероятно, основатель рода Полониных был человеком, носившим имя Полоня, и со временем его потомки стали использовать фамилию Полонина, закрепляя таким образом свою идентичность.