Фамилия Полуканина — редкий случай, когда географическая привязка проясняет происхождение лучше, чем прозвище или профессия. Судя по окончанию -ин, она образована от прозвища Полуканя, которое, в свою очередь, могло возникнуть в северных и уральских говорах. В архангельских и пермских диалектах «каня» — это лошадь, конь, а «полуканя» — нечто среднее между конем и пони, низкорослая или слабая лошадка. Учитывая, что фамилия зафиксирована в Вятской губернии (по данным переписей XIX века), логично предположить: прозвище дали человеку невысокого роста или с «конской» внешностью — длинным лицом, крупными зубами, неуклюжей походкой.

Есть и альтернативная версия, связанная с именем Акинф или Кин. В русском просторечии имя Кин (от Акинфий) могло звучать как Каня. Полуканей тогда называли сына, родившегося «вполовину» — то есть полу-Каню, младшего или неполноценного по сравнению с отцом. Но эта гипотеза слабее: суффикс -ин в фамилиях обычно крепится к основе, а не к частице «полу-», и для «полу-Каня» не сохранилось документальных примеров.

Сама фамилия — одна из тех, что подчеркивает не род занятий, а физическую или поведенческую особенность. Её носители, скорее всего, были крестьянами или посадскими людьми на севере России, где лошадь — главная рабочая сила, а сравнения с ней — часть повседневного языка. В современных базах Полуканины встречаются редко, в основном в Кировской и Пермской областях, что подтверждает связь с вятскими диалектами.