Фамилия Полынков (в женском роде — Полынкова) образована от мирского имени Полынко, которое давали в крестьянской среде до повсеместного закрепления церковных календарных имен. Это имя восходит к слову «полынь» — травянистому многолетнему растению с горьким, неприятным запахом. Лингвисты связывают русское название «полынь» с древним глаголом «полети», то есть «гореть»: растение так названо за жгучий, обжигающий вкус. Полынь действительно настолько горька, что ее использовали как естественное средство от насекомых, а охотники мариновали в полынном отваре мясо дичи.

Почему человека могли прозвать Полынкой? Скорее всего, за горечь характера, язвительность или неуживчивость — прозвища по вкусовым и обонятельным свойствам трав были в ходу у наших предков. Менее вероятно, хотя и не исключено, что прозвище закрепилось за тем, кто жил на полынных пустошах или занимался сбором этой травы. Имя Полынко не было каноническим, оно существовало параллельно с крестильным, и именно такие мирские имена часто становились основой фамилий.

Суффикс -ов в фамилии указывает на принадлежность: Полынков — сын Полынка. Такая модель типична для русского ономастикона и закрепилась в большинстве фамилий, образованных от прозвищ и мирских имен. Родственная фамилия Полынин, встречающаяся реже, восходит к той же основе, но через другую словообразовательную цепочку.

О точном месте и времени возникновения фамилии говорить сложно: процесс формирования русских фамилий растянулся на несколько столетий. Однако характер основы позволяет отнести ее к пласту древнерусских прозвищных имен, которые бытовали в северных и центральных регионах России. Полынковы — это памятник народной культуры, где горькая трава дала имя целому роду.