Фамилия Полынкова образована от мирского имени Полынко, которое в старину давали человеку не при крещении, а в быту. Такие имена, понятные каждому соседу, нередко становились основой будущих фамилий. Корень здесь — слово «полынь», так называют травянистое многолетнее растение с горьким вкусом и резким запахом. То есть первым носителем прозвища был, скорее всего, человек, чем-то напомнивший окружающим эту траву — горький на язык, неуживчивый, язвительный, или же тот, кто постоянно заготавливал полынь, лечился ею и жил рядом с зарослями этой травы.

Лингвисты возводят русское название растения к древнему глаголу «полети», что означает «гореть». Это не случайно: полынь действительно жгучая на вкус, да и растет она на выжженных солнцем пустырях. В народной медицине траву использовали как средство от многих хворей, а охотники до сих пор иногда маринуют мясо дичи в полынном отваре, чтобы оно не портилось и приобретало пикантную горчинку. Так что прозвище Полынко могло относиться и к человеку сведущему в травах, знахарю.

Фамилия Полынков и ее женская форма Полынкова закрепились за потомками этого человека. По русской традиции отчество-прозвище Полынко перешло в фамилию через притяжательный суффикс -ов, отвечающий на вопрос «чей?». Полынков — значит сын, внук или дальний потомок Полынка. Мужская форма Полынков и женская Полынкова встречаются в разных регионах России, но чаще всего — в южных и центральных областях, где полынь — привычная часть степного и лугового пейзажа.