Основой фамилии Полынкова послужило мирское имя Полынко. Мирское имя Полынко восходит к слову «полынь» - так называется травянистое многолетнее растение с неприятным запахом. Русское название «полынь» лингвисты производят от древнего глагола «полети», что значит «гореть». Мясо дичи и сейчас иногда маринуют в полынном отваре. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Полынко, со временем получил фамилию Полынков.