Фамилия Полынцев происходит от древнейшей формы славянских фамильных прозвищ, образованных от географического названия местности, выходцем из которой являлся один из предков. Фамилия Полынцев образована от прозвища Полынец, которое ведет свое начало от топонима Полынь, Полынино или Полынское. Населённые пункты с такими названиями встречаются в России повсеместно, а потому не представляется возможным указать, выходцем из какой именно местности был основатель рода Полынцевых. В основе самих топонимов лежит название растения - «полынь». По другой версии, фамилия Полынцев ведет свое начало от именования Полынец, которое получил сын человека по имени Полынь (суффикс -ец может иметь уменьшительное значение). Давая младенцу такое имя, как Полынь, родители хотели, чтобы природа воспринимала ребёнка как своего, чтобы к нему перешли те полезные качества, которыми наделено это растение. В результате, потомок человека, обладающего прозвищем Полынец, со временем получил фамилию Полынцев. О точном месте и времени возникновения фамилии Полынцев в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Полынцев представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.