Основой фамилии Полынцова послужило мирское имя Полынь. Вероятно, именование Полынец получил сын человека по имени Полынь (суффикс -ец может иметь уменьшительное значение). Само же мирское имя Полынь образовано от названия растения полынь. Давая младенцу такое имя, как Полынь, родители хотели, чтобы природа воспринимала ребёнка как своего, чтобы к нему перешли те полезные качества, которыми наделено это растение. Также нельзя исключать, что фамилия Полынцова образована от прозвища Полынец, которое получил выходец из села Полынь, Полынино или Полынское. Населённые пункты с такими названиями могут встречаться в России повсеместно, а потому не представляется возможным указать, выходцем из какой именно местности был основатель рода Полынцовых. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Полынь или прозвище Полынец, со временем получил фамилию Полынцова.