Фамилия Понежа — редкая и с неочевидной на первый взгляд этимологией. В отличие от большинства русских фамилий на -ов, -ин или -ский, она застыла в краткой форме, что сразу указывает на её происхождение от прозвища, а не от имени крестильного или профессионального. Корень «Понеж-» не встречается в древнерусских календарных святцах, поэтому версия о происхождении от канонического имени отпадает.

Самый вероятный источник — диалектное слово или прозвище, связанное с глаголом «нежить» или прилагательным «нежный». В русских говорах приставка «по-» могла придавать действию оттенок длительности или интенсивности: «понéжить» — значит полениться, побездельничать, провести время в неге. Соответственно, Понежа — человек, которого прозвали за склонность к праздности, изнеженности или медлительности. Такие прозвища давали не в укор, а скорее как бытовую характеристику, которая закреплялась за родом.

Менее распространённая, но возможная версия связывает фамилию с гидронимом или топонимом. В бассейне рек Понежа или Понежье (гипотетические названия в северных и центральных областях России) могло существовать поселение, жителей которого называли «понежа» — выходцы с Понежи. Однако документальных подтверждений существования такого населённого пункта в открытых источниках нет, и эта гипотеза остаётся спекулятивной.

Суффиксальная модель фамилии — нулевая, без типичного родового окончания. Это характерно для прозвищ, которые перешли в фамилии в неизменной форме (сравните: Беда, Гуляй, Нечай). Такие фамилии часто фиксировались в северных и вятских землях, где была сильна традиция беспатронимных фамилий. Если предположить, что Понежа — усечённая форма от Понежин или Понежев, то носители могли быть выходцами из семей, где прозвище отца закрепилось за детьми без добавления суффикса, что встречается реже и указывает на раннее оформление фамилии.

В словарях русских фамилий (например, у Б. Унбегауна) фамилия Понежа не приводится, что подтверждает её локальный и малочисленный характер. Скорее всего, она возникла в среде крестьян или посадских людей, где прозвища давали по внешним или поведенческим чертам. Сегодня носители фамилии встречаются в основном в Центральной России и Поволжье, но точная география требует отдельного генеалогического поиска.