Фамилия Понежев — редкий пример, где за основу взято не имя, не профессия, а наречие или служебное слово. В древнерусском языке «понеже» означало «потому что», «так как». Прозвище Понеже могли дать человеку, который часто вставлял это слово в речь, — этакий говорун с любимым словом-паразитом. Такие прозвища по характерным оборотам речи встречаются среди русских фамилий, но редко: Понев, Понежев — одна из немногих фамилий, образованных от союза.

Суффикс -ев указывает на стандартную патронимическую модель: Понежев — сын Понежа. То есть прозвище Понеже, скорее всего, сначала закрепилось за отцом, а затем перешло к детям в форме притяжательного прилагательного. Фамилия не получила широкого распространения: основные носители встречаются на юге России и в Поволжье, что может говорить о локальном происхождении — в одной местности прозвище прижилось, а в других просто не сложилось.

Есть и альтернативная версия, менее вероятная: от диалектного «понёж» — вид рыбы (ерш или бычок) в некоторых говорах. Но эта гипотеза слабая: слово «понёж» почти не фиксируется в словарях русских говоров, а фамилия Понежев имеет ударение на втором слоге, что ближе к произношению союза «понеже». Если бы в основе лежала рыба, мы бы скорее ждали форму Понежов или Понежин.

Филолог Борис Унбегаун в «Русских фамилиях» не упоминает Понежева, но описывает похожие примеры — фамилии от междометий и союзов (Айдаев, Нуев). Это подтверждает, что модель образования не единична, хотя и редка. Таким образом, носитель фамилии Понежев, скорее всего, потомок человека, которого в XVI–XVII веках прозвали за манеру начинать фразу с «понеже» — забавная, но живая черта, закрепившаяся в родовом имени.