Фамилия Панежа — редкий случай, когда ясная словообразовательная модель упирается в тёмную основу. На первый взгляд перед нами типичная фамилия с суффиксом -ж-, который в русских фамилиях встречается нечасто и обычно указывает на прозвищное происхождение (ср. Бродяга — Бродяжин, Коряга — Коряжин). Но здесь суффикс встроен в само слово, а не наращен поверх фамильного окончания.

Самое правдоподобное объяснение — основа от диалектного глагола или существительного, связанного с «панеж» или «панёжа». В южнорусских и белорусских говорах «панёва» (или «понёва») — это домотканая шерстяная юбка, часть традиционного женского костюма. Форма «панежа» могла возникнуть как вариант произношения или как прозвище мастера, который такие юбки шил, либо человека, носившего характерную одежду. В этом случае фамилия Панежа — прозвище, перешедшее в фамилию без дополнительных суффиксов, что нетипично для русского ономастикона, но встречается в западнорусских и украинских землях.

Версия, что фамилия происходит от личного имени — например, от уменьшительной формы Панежа к Павел или Пантелеймон — менее убедительна. В русской антропонимии такие формы обычно дают фамилии с суффиксами -ов/-ев или -ин (Панежин, Панежев), а не чистую основу. Сохранившаяся форма без патронимического суффикса — сильный аргумент в пользу прозвищного происхождения.

Географически фамилия тяготеет к западным областям России и к Беларуси. В польском языке есть слово «panieża» (госпожа, пани), но для фамилии это скорее случайное созвучие, чем прямой источник. Скорее всего, предок носителя фамилии Панежа был крестьянином или ремесленником, и прозвище закрепилось за ним по какой-то бытовой, одежной или поведенческой примете.