Фамилия Панежина — женская форма, а мужская, соответственно, Панежин. Её основа — прозвище или нецерковное имя Панежа. Чтобы понять его происхождение, придётся разобраться с двумя спорными моментами: что такое «панежа» и какой суффикс участвовал в образовании.

Самое вероятное объяснение ведёт к диалектному слову «панежа» — так в некоторых русских говорах (особенно северных и сибирских) называли слякоть, мокрый снег или грязь на дороге. Сравните с «паныжа» — то же самое, от глагола «панижать» (пачкать, грязнить). Человек мог получить прозвище Панежа за неопрятность, любовь ходить по грязи или за то, что работал в сырости — например, бурлачил или сплавлял лес. Правдоподобность этой версии подкрепляется тем, что фамилия встречается в зонах традиционного лесосплава: в Архангельской, Вологодской, Кировской областях.

Менее убедительная версия — связь с именем Панежа как производным от Пантелеймон или Панкратий (через усечение Паня и суффикс -еж-). Но модель «Паня → Панежа» нехарактерна для русской антропонимии: обычно от Пантелеймона образуют Панечкин, Панюшкин, а не Панежин. Суффикс -еж- в прозвищах редок и чаще встречается в словах со значением действия или качества (синеж, мокреж), что как раз возвращает нас к «слякоти».

Фамилия Панежин — редкая. В официальных списках XIX века она почти не попадается, что говорит о позднем закреплении: возможно, вторая волна крестьянских фамилий, когда прозвища давали не по отцу, а по личной характеристике. Носители Панежины, скорее всего, не имели отношения к дворянству или духовенству — это крестьянская или мещанская фамилия, закрепившаяся на севере и северо-востоке России.

Таким образом, фамилия Панежина, скорее всего, означает «дочь или жена грязнули» в прямом, бытовом смысле — без обидного оттенка, а как меткое прозвище, данное в среде, где чистота была роскошью.