Фамилия Панежин — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. Основа фамилии — «Панежа» или «Панеж», а суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — сын или потомок Панежи.

Скорее всего, в основе лежит прозвище или неканоническое имя, связанное с географическим названием. Наиболее вероятная версия — от реки или местности Панеж, Панежа. Такие топонимы встречаются в бассейне Северной Двины и в Карелии. Например, есть река Панежма, озеро Панежское. Если предок жил на такой реке или вышел из деревни с похожим названием, его могли прозвать Панежа — «тот, кто с Панежи». В русской ономастике фамилии от названий рек и урочищ (с суффиксом -ин) — обычное дело: Волгин, Онегин, Печорин. Панежин стоит в том же ряду.

Менее вероятная, но возможная версия — от прозвища, связанного с диалектным словом. В некоторых северных говорах «панежа» могло означать что-то вроде «вялый», «медлительный» человек (от «панежиться» — нежиться, лениться). Но это предположение слабее, поскольку слово не зафиксировано в словарях как устойчивое прозвище.

География фамилии подтверждает северную версию. Панежины — редкая фамилия, и основная часть её носителей исторически жила в Вологодской и Архангельской областях. Встречается она и на Урале, куда в XVII–XVIII веках переселялись поморы и крестьяне с Русского Севера. По сословной принадлежности — почти наверняка крестьяне или посадские люди, не дворяне.

Таким образом, фамилия Панежин — типичный пример северорусской топонимической фамилии, указывающей на место жительства предка у реки или в местности с названием Панежа.