Фамилия Пониматкина — женская форма фамилии Пониматкин, а та, в свою очередь, образована от прозвища или мирского имени Пониматка. В основе лежит глагол «понимать», но не в современном значении «осмысливать», а в более древнем — «брать, хватать, взимать». В русских говорах «понимать» означало «брать, захватывать», а «пониматка» — это либо тот, кто берёт (сборщик, приемщик), либо, с ироничным оттенком, человек, который «хватает всё подряд», то есть запасливый или прижимистый хозяин.

Словообразовательный суффикс -к- в основе (Понимат-к-а) типичен для ласкательно-бытовых имён в северных и центральных областях России. Окончание же -ин указывает на принадлежность: «чей сын?» — Пониматкин, то есть потомок Пониматки. Такая модель встречается реже, чем -ов/-ев, и часто привязана к именам, оканчивающимся на -а или -я. Если бы фамилия звучала как Пониматков, это указывало бы на основу мужского рода (Пониматко), но вариант на -ин подчёркивает, что прозвище было именно на -ка.

Версия о связи с глаголом «понимать» в смысле «разуметь» менее вероятна для прозвища XVI–XVII веков. В древнерусском языке интеллектуальное значение у этого слова закрепилось позже, а бытовая ономастика обычно цеплялась за конкретные, видимые черты характера или занятия. Поэтому Пониматка — это, скорее, «хватала» или «приёмщик», а не «понятливый».

Регионально фамилия редкая. По переписям XIX века её носители встречались в основном в Вологодской и Костромской губерниях — там, где говор сохранил архаичное «понимать» в значении «брать». Встречается и вариант написания с одной «н» — Поматкин, что может быть результатом акающего произношения (поматка — от «помать», то есть «помять, сжать»), но это уже другая этимологическая ветвь.

Таким образом, предки Пониматкиных — скорее всего, крестьяне или посадские люди из северных регионов, получившие фамилию по прозвищу, которое отражало либо их занятие (сборщик податей, приёмщик товара), либо характерную черту — хваткость и умение «взять своё».