Фамилия Понисаева — женская форма фамилии Понисаев, и её происхождение неочевидно на первый взгляд. В основе лежит прозвище или неканоническое имя Понисай, которое, скорее всего, имеет глагольное происхождение. Разбираем: «понисать» в старых говорах могло означать «понизить», «опустить», «пригнуть». Соответственно, Понисаем могли прозвать человека сгорбленного, сутулого или того, кто ходил, низко опустив голову. В русских фамилиях на -ай (типа Молчай, Слухай, Понисай) часто застывает форма повелительного наклонения или однократного действия, которая потом осмысляется как прозвище.

Менее вероятна, но возможна связь со словом «понос» (в старом значении «бегство», «течение» или даже «преследование»). В этом случае Понисай — человек, который «поносил», то есть бегал или гнал кого-то. Однако первая версия надёжнее: суффикс -ай в прозвищах чаще указывает на внешний признак или характерное действие, а не на абстрактное понятие.

Суффикс -ев указывает на принадлежность: Понисаев — сын Понисая. Фамилия редкая, географически привязана преимущественно к центральным и южнорусским областям, где сохранялись диалектные глагольные формы. Встречается она и в Поволжье, но массового распространения не получила. Социально носители фамилии, скорее всего, были крестьянами или посадскими людьми — фамилии на -ай редко встречаются в дворянской среде. В документах XVII–XVIII веков подобные прозвища фиксировались как уличные, а фамилия закрепилась уже после отмены крепостного права.