Фамилия Понукаева образована от прозвища Пону́кай или Пону́ка. В его основе — глагол «понукать», то есть «поторопливать, подгонять, заставлять делать что-то быстрее». В русских говорах слово было живым и ёмким: так могли назвать не только того, кто сам постоянно понукал других (например, бойкого старосту или приказчика), но и, наоборот, медлительного человека, которого вечно приходилось подгонять. Оба варианта возможны, хотя в прозвищах чаще закреплялось действие, производимое самим человеком.

Суффикс -ев (а не более привычный -ов) указывает на то, что основа прозвища оканчивалась на мягкий или шипящий звук: Пону́кай → Пону́каев. Такое написание встречается реже, чем, скажем, Понукалов, но оно абсолютно правильно по словообразовательной модели. В старых документах фамилия могла писаться через «а» — Пону́каева, но ударение почти всегда падает на второй слог.

Географически фамилия тяготеет к центральным и южным областям России. В переписных книгах XVII–XVIII веков встречаются крестьяне и однодворцы с этой фамилией в Тульской, Рязанской и Воронежской губерниях. Это косвенно подтверждает, что предки Понукаевых не принадлежали к высшим сословиям — фамилия бытовала в среде служилых людей «по прибору» и государственных крестьян.

Редкая особенность: в некоторых говорах «понука» означала не только окрик, но и особый кнут или хворостину для подгонки скота. Если прозвище дали по инструменту, то Понукаевы могли происходить от пастуха или погонщика. Однако это лишь версия — основной корень остаётся глагольным, с оттенком настойчивости и нетерпения.