Фамилия Пойтина — редкий случай, когда суффикс -ин указывает на женскую форму, а не на мужскую. В русской традиции фамилии на -ин обычно образуются от мужских основ (Иван — Иванов, но Кузьма — Кузьмин). Здесь же основа «Пойт-» не даёт прямого мужского имени или прозвища, а сама фамилия встречается почти исключительно у женщин. Это наводит на мысль, что перед нами не стандартная патронимическая модель, а скорее прозвищная, закрепившаяся за конкретной женщиной или родом по женской линии.

Корень «Пойт-» вызывает споры. Самая вероятная версия — от глагола «поить» или существительного «пойло». В говорах «пойтой» могли называть человека, который любит попоить скотину, работает на водопое или, наоборот, пьёт сам (пьяницу). В северных и сибирских диалектах встречается слово «пойка» — кормление молоком, что могло относиться к кормилице или скотнице. Менее убедительна связь с личным именем Пойта — якобы производным от греческого Полиевкт или латинского Потит; такие имена в русских святцах встречаются, но крайне редко, и в народной среде почти не прижились.

Географически фамилия тяготеет к Вологодской и Архангельской областям, а также к Пермскому краю — регионам, где активны севернорусские говоры и где суффикс -ин в женских фамилиях мог сохраняться дольше. В переписях XIX века Пойтины встречаются как крестьянки, реже — мещанки. Интересно, что в некоторых документах фамилию писали через «я» — «Пяйтина», что отражает местное «яканье» и подтверждает северное происхождение.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Пойлов, Пойловцев, Пойменов) показывает, что основа «пой-» в русских фамилиях всегда связана с действием поить или пить, а не с иностранными корнями. Поэтому Пойтина — это, скорее всего, «дочь или жена Пойта», где Пойт — прозвище человека, имевшего отношение к поению: конюха, водовоза, коровницы или просто любителя выпить. Единственная ономастическая работа, где упоминается эта фамилия, — словарь В. А. Никонова «География фамилий» (1988), где она отнесена к группе севернорусских прозвищных фамилий на -ин с неясной этимологией.