Фамилия Пойто — редкая и неочевидная для русского уха. Чтобы понять её происхождение, нужно смотреть не на привычные славянские суффиксы, а на саму основу. В ней нет фамильных формантов -ов, -ин или -ский, что сразу указывает: фамилия, скорее всего, не великорусская по модели образования, а западного или финно-угорского происхождения, либо является застывшей формой прозвища.

Самая вероятная версия ведёт к финно-угорским корням, в частности к карельским или вепсским языкам. В карельском слово «poika» означает «мальчик, сын, парень». Звуковой переход «ой» в «ой» (Пойто) — естественный для местных говоров. Таким образом, Пойто могло быть прозвищем молодого человека, парня, или указанием на родство: «сын такого-то». В этом случае фамилия могла возникнуть на территории современной Карелии, Ленинградской области или Вологодчины, где исторически жили прибалтийско-финские народы. Подтверждает эту версию и то, что в тех же краях встречаются фамилии Пойка, Пойконен, Пойкки — однокоренные «братья» Пойто.

Менее распространённая, но возможная версия — связь с прибалтийскими языками. В литовском языке есть слово «paitas» (кнут, хлыст) или глагол «paitoti» (бить, хлестать). В таком случае прозвище Пойто мог получить человек с жёстким характером или, напротив, тот, кто пользовался кнутом по работе — пастух, кучер, возница. Однако эта версия слабее: фамилия Пойто нехарактерна для литовского ареала, где типичны окончания на -ас, -ис, -ус.

С точки зрения словообразования, фамилия относится к так называемым «неоформленным» — не имеет славянского суффикса, а само прозвище стало родовым именем в неизменном виде. Такие фамилии обычно старше по возрасту: они фиксировали прозвище в тот момент, когда ещё не сложилась привычка добавлять -ов или -ин. Встретить Пойто можно в основном на Северо-Западе России и, возможно, среди потомков переселенцев из этих мест.

О точном сословии носителей фамилии судить сложно из-за её редкости. Скорее всего, предки были крестьянами или ремесленниками из северных губерний. Известных исторических деятелей с такой фамилией в открытых источниках нет, что только подтверждает её локальный и народный характер.