Фамилия Прохореня — редкий случай, когда модель образования не менее интересна, чем сама основа. Вместо привычного суффикса -енко (Прохоренко) или -ов (Прохоров) мы видим окончание -я, которое в восточнославянской антропонимии обычно указывает на украинское или белорусское происхождение. Форма на -еня — это вариант патронимического суффикса, который буквально означает «сын Прохора» или «маленький Прохор». Такие фамилии характерны для Полесья, северных областей Украины и юго-запада Беларуси, где подобные модели (Тимошеня, Гриценя) встречаются до сих пор.

Основа фамилии — каноническое крестильное имя Прохор. В святцах это имя греческого происхождения, означающее «предводитель хора» или «запевала». В народной среде имя было популярным, но не таким частым, как Иван или Пётр, поэтому фамилия Прохореня сохранила оттенок локальной редкости.

Интересно, что ударение в фамилии может плавать: в одних говорах фиксируется на втором слоге (Про́хореня), в других — на последнем (Прохореня́). Это не ошибка, а отражение диалектных особенностей — южнорусские и украинские говоры часто переносят ударение на окончание в словах с суффиксом -еня.

Сословного барьера у фамилии не было: Прохореней могли назвать и крестьянина, и казака, и мещанина. В метрических книгах XIX века эта фамилия встречается в Волынской, Гродненской и Минской губерниях, что подтверждает её западнорусский ареал. Никакой связи с профессией или прозвищем здесь нет — только чистая отчественная модель, где имя отца стало родовым клеймом.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Прохореня стоит особняком: Прохоров — великорусская форма, распространённая повсеместно; Прохоренко — типично украинская, массовая; а Прохореня — локальный вариант, который мог возникнуть как результат фонетического упрощения от Прохоренко (отпадение конечного -о) или как самостоятельная модель с уменьшительным суффиксом. В любом случае, перед нами фамилия, которая чётко маркирует своего носителя как выходца с территории, где говорили на «полесском» диалекте или белорусском языке.