Фамилия Прокуденко звучит как типичная украинская фамилия, и это первое, что бросается в глаза. Суффикс -енко — один из самых распространённых в Украине, он указывал на сына или потомка человека, чьё имя или прозвище стало основой. В XVII–XVIII веках такие фамилии активно формировались среди казаков и крестьян Левобережной и Слободской Украины, поэтому географически Прокуденко — это, скорее всего, выходец из Черниговщины, Полтавщины или Сумщины.

Корень Прокуд- в русских и украинских говорах имел два возможных, но очень разных значения. Первое и самое вероятное: «прокуда» — это проказник, шалун, озорник. В словаре Даля «прокудить» означает «проказничать, шалить, дурить». Прозвище Прокуда давали не злому, а живому и непоседливому человеку, который постоянно что-то вытворял. Второе, более редкое значение — «прокуда» как «пройдоха» или «хитрец», но в бытовой среде чаще закреплялось именно за безобидным озорством.

Есть и альтернативная версия, которую иногда выдвигают: связь с именем Прокопий (в народном варианте Прокофий, Прокуда как уменьшительная форма). Однако это менее убедительно. Прокопий обычно давал фамилии Прокопенко, Прокофьев, а форма «Прокуда» как самостоятельное прозвище фиксируется в исторических документах (например, у С. Б. Веселовского в «Ономастиконе» упоминается крестьянин Прокуда). Фамилия Прокуденко, таким образом, образована напрямую от прозвища, а не от канонического имени.

Отличительная деталь этой фамилии — её «живой» характер. В отличие от фамилий, образованных от профессий или внешности, Прокуденко несёт в себе оценку поведения. Предок носителя был человеком заметным: не тихоней, а тем, про кого говорили «ну и прокуда!». В крестьянской среде такие прозвища часто становились фамилиями, потому что метко схватывали главную черту человека. Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Прокуденко стоит в одном ряду с Прокудиным (русский вариант с суффиксом -ин) и Прокудой (без суффикса, как прямая форма прозвища). Все они — о той же корня, но украинская огласовка на -енко указывает на конкретную региональную привязку к юго-западным землям.