Фамилия Пролипко звучит как загадка: её основа неочевидна, а суффикс -ко сразу выдаёт украинское или южнорусское происхождение. В ономастике такие фамилии на -ко (Прокопенко, Шевченко) чаще всего означали «чей-то сын» или «потомок», но здесь корень нестандартный.

Самая вероятная версия — от глагола «пролипнуть» (прилипнуть, увязнуть). В южных говорах слово «пролипа» могло быть прозвищем для человека, который постоянно попадал в неприятности, застревал в долгах или, наоборот, был навязчивым, «липнул» к людям. Менее очевидный вариант — искажённое «Пролубко» (от «пролуб» — прорубь), но фонетика здесь сопротивляется: «пролип» устойчивее.

Суффикс -ко типичен для Поднепровья и Слобожанщины: Черниговщина, Полтавщина, Харьковщина. Если предки были запорожскими казаками или крестьянами, фамилия могла закрепиться как уличное прозвище, а позже стать официальной. Дворянских корней у Пролипко нет — это фамилия простых людей, ремесленников или земледельцев.

Встречается редкое написание через «а» — Пралипко, но это уже диалектный вариант. В современных базах носители рассеяны по Украине и югу России, без плотного гнезда. Споров вокруг этимологии почти нет: ономасты сходятся на прозвищной основе от «пролипнуть», хотя словари фамилий (например, Унбегаун) эту фамилию не разбирают — она остаётся в тени более частых аналогов.