Фамилия Пронцкуте — редкий для России случай, так как её грамматика и суффикс выдают литовское происхождение. Это женская форма фамилии, образованная по литовской модели: окончание -уте (-utė) указывает на незамужнюю женщину или дочь. Мужской вариант звучал бы как Пронцкус (Pranckus). В Литве такие фамилии на -utė типичны для девичьих фамилий, и их массово закрепили в документах в XIX — начале XX века, когда литовцам предписали фиксировать родовые имена.

Основа фамилии — Пронц- — восходит к литовскому личному имени Pranas, которое является сокращением от Pranciškus (Франциск). То есть буквально Пронцкуте — «дочь (или потомок) Пронаса». В русском контексте фамилию могли русифицировать, заменив окончание на -ова или -ин, но если она сохранилась в исходном виде, это значит, что носительница либо сама из Литвы, либо её предки записывали фамилию по литовскому образцу. Встречается такая фамилия в основном на востоке Литвы и в приграничных районах Беларуси, где были смешанные браки.

С точки зрения социальной истории, носители фамилии Пронцкус были, скорее всего, крестьянами или мелкими ремесленниками: в Литве фамилии на -ус и -уте закрепились за непривилегированными сословиями, тогда как шляхта чаще носила фамилии на -ский. Если в России встретили женщину с такой фамилией, её предки, вероятно, переехали в XIX веке из западных губерний — Ковенской или Виленской. Никаких известных исторических деятелей с фамилией Пронцкуте не зафиксировано, но по модели образования она абсолютно прозрачна и не требует сложных этимологических гипотез.