Фамилия Протченкова — женская форма фамилии Протченков, и её происхождение напрямую связано с мужским вариантом. Разбирать её стоит через суффикс и основу, потому что именно модель образования здесь даёт ключ к истории.

Основа фамилии — «Протченк-». Суффикс «-ов» в мужской форме (Протченков) указывает на принадлежность: «чей?» — сын Протченка. А вот «Протченко» — это уже украинская или южнорусская модель фамилии, образованная с помощью уменьшительно-ласкательного суффикса «-енк(о)». В украинской традиции такие фамилии часто означали «маленький» или «сын» того, кто назван в корне. Таким образом, Протченко — это, вероятно, потомок человека по имени или прозвищу Протко.

Корень «Протк-» — самая интересная часть. Он может восходить к глаголу «проткнуть» или к существительному «протока» (рукав реки, узкий проход). В первом случае прозвище Протко могли дать человеку с острым языком или, наоборот, тому, кто работал с чем-то колющим (например, бондарь или сапожник, прокалывающий шилом). Во втором случае — жителю у протоки, у места, где река раздваивается. В говорах встречалось и слово «протк» в значении «острый предмет» или «затычка», что тоже могло стать основой для прозвища.

Географически фамилия Протченков (и Протченкова) наиболее характерна для юга России и востока Украины — регионов, где суффикс «-енко» был массовым. Встречается она и в Курской, Белгородской, Воронежской областях, где исторически смешивались великорусские и малорусские говоры. В отличие от фамилий на «-ский», которые часто указывали на дворянское или духовное происхождение, Протченкова — типичная крестьянская или казачья фамилия, возникшая в среде, где именование по отцу с уменьшительным суффиксом было нормой.

В написании стоит обратить внимание на ударение: в большинстве случаев оно падает на второй слог — Протче́нкова, хотя в некоторых диалектах возможно ударение на первый. В документах XIX века фамилия могла фиксироваться с вариациями: Протченков, Протченко, а в женском роде — Протченкова, без варианта через «а» в окончании (как, например, у фамилий на «-ич»). Это строгая патронимическая форма, где окончание «-а» — чисто грамматический показатель женского пола, а не самостоятельная основа для этимологии.