Фамилия Протоковилов — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу, образовано от должности не по роду занятий, а по месту службы. Разберёмся по порядку.

Корень здесь — «проток». В русских говорах так называли не только ручей или канал, но и проход, узкое место, а в церковной и административной среде — помещение при входе, притвор. Однако основное значение, которое привело к фамилии, — это «проток» как должность при монастыре или архиерейском доме. Протоком называли служителя, который впускал посетителей, следил за порядком у входа и объявлял о приходящих. В духовном ведомстве это была низшая служительская должность, что-то вроде привратника при настоятеле.

Суффикс «-овил» — нестандартный для русских фамилий. Обычно мы видим «-ов» или «-ев». Здесь же явно вторичное образование: сначала от слова «проток» через суффикс принадлежности «-ов» возникла фамилия Протоков (вполне обычная, встречается до сих пор). А затем, по аналогии с фамилиями вроде Гаврилович или Петрович, где «-ович» указывает на сына, появилась форма Протоковилов. Но в этом случае суффикс не отчества, а просто способ усложнить фамилию, сделать её более «солидной» на слух. Такие искусственные удлинения встречались у духовенства и мещан в XIX веке, когда люди стремились выделиться.

Получается, что предок носителя фамилии Протоковилов — это человек по прозвищу Проток или с фамилией Протоков, то есть служитель при протоке. Фамилия — книжная, не крестьянская, и её география, скорее всего, связана с центральными губерниями России, где были крупные монастыри и архиерейские дворы. Встречается она редко, что подтверждает её искусственное происхождение: это не массовая модель, а локальный ономастический эксперимент.

Если искать параллели, то ближайшие — фамилии Протопопов (от «протопоп» — старший священник) и Протодиаконов. Но Протоковилов стоит особняком: основа не церковный чин, а служительская должность, и суффикс нетипичный. Это делает фамилию ценной для историка языка — она показывает, как в XIX веке люди сами «украшали» свои родовые имена, отходя от простых форм.