Фамилия Протоцкий восходит к глаголу «проточить» («протачивать»), который означает «пролить струей». Возможно, что фамилия относится к так называемым «профессиональным» именованиям, содержащим указание на род деятельности человека. Однако в новгородских говорах этот глагол имел значение «издержать, расточить». В таком случае Протоцким моли прозвать праздного человека, который растрачивал, расточал свое имущество.