Фамилия Прудакова образована от прозвища или нецерковного имени Прудак. Основа здесь — слово «пруд», а суффикс -ак типичен для русских прозвищ, указывающих на характерный признак человека: например, Рыбак, Гуляк, Чужак. Прудаком могли назвать того, кто жил у пруда, владел им или работал на пруду — скажем, следил за ним, разводил рыбу. В говорах слово «пруд» имело и переносные значения: так могли называть стоячую воду, топкое место, а иногда и скучного, медлительного человека (от «прудить» — лить, задерживать). Впрочем, географическая привязка к водоёму — самая вероятная.

Суффикс -ов в фамилии указывает на принадлежность: Прудаков — сын или потомок Прудака. По модели образования это типичная русская фамилия, распространённая в центральных и южных регионах, где много прудов и речушек. Встречаются варианты с ударением на втором слоге — Прудако́в, но чаще фамилию произносят с ударением на «а»: Прудако́ва или Пруда́кова.

Интересно, что фамилия Прудаков (и Прудакова) не так частотна, как однокоренные Прудов, Прудников, Прудкин. Редкость суффикса -ак в этой основе выделяет её среди прочих «прудовых» фамилий. В документах XVII–XVIII веков встречаются крестьяне и посадские люди с прозвищем Прудак — например, в переписных книгах по Тульской и Рязанской губерниям. Именно оттуда, скорее всего, и пошла фамилия.

Если говорить о происхождении в целом, то Прудакова — фамилия, которая прямо указывает на место жительства или род занятий предка. Никакой дворянской или купеческой истории за ней обычно не стоит: это фамилия крестьянская или мещанская, что подтверждается её географией в центральной России. В современном мире носители фамилии встречаются по всей стране, но наибольшая концентрация — в бывших Рязанской, Тамбовской и Воронежской губерниях.