Фамилия Прудыус — редкий случай, когда написание почти полностью сохраняет звучание исходного слова, но с латинским окончанием. Если отбросить суффикс -ус, который явно указывает на полонизированную или латинизированную форму, в основе лежит корень «пруд». Такая модель образования типична для западнорусских земель (территории современной Беларуси, Украины, восточной Польши), где польская письменная традиция нередко добавляла к славянским прозвищам окончание -us, -is, -as. В результате «Прудыус» — это книжная, «учёная» версия прозвища Прудь или Пруда.

Первое, что приходит на ум: предок жил у пруда или владел им. Однако в славянской ономастике прозвища, образованные от гидронимов и топонимов, обычно получали суффиксы -ов/-ев, -ин, -ский. Прудов, Прудин, Прудский — вот привычные варианты. Форма Прудыус выглядит иначе: она скорее передаёт не просто место жительства, а конкретное прозвище человека. В говорах «пруда» или «прудь» могло означать не только водоём, но и нечто сырое, болотистое, или, напротив, — человека медлительного, «стоячего», как вода в пруду. В польском языке «pruda» (произносится «пруда») — это «плотина», «запруда», что отсылает к ремеслу: предок мог быть строителем мельничных плотин или мельником.

Сложность фамилии в том, что она не вписывается в стандартные русские модели. В метрических книгах XIX века Прудыусы встречаются в основном в Гродненской и Минской губерниях, а также среди переселенцев в Сибирь. Это указывает на белорусское или польское происхождение. Важно: фамилия не имеет отношения к украинской фамилии Прудиус (с ударением на «и»), которая образована от имени Прудий (народная форма христианского имени Прокопий). Прудыус — самостоятельная форма, где ударение, скорее всего, падает на первый слог: Прýдыус.

Версия о происхождении от латинского «prudens» (благоразумный) выглядит искусственной: для этого фамилия должна была бы писаться через «д» и «е» (Пруденциус, Пруденс). Связь с польским «prud» (гордость) тоже маловероятна, так как в таком случае появилось бы окончание -ский или -евич. Самое правдоподобное объяснение лежит на поверхности: прозвище, данное по месту или занятию, было записано писарем, привыкшим к латинским окончаниям, и закрепилось в таком виде.