Фамилия Прудеус — редкий случай, когда прозвище или фамилия образована не от славянского корня, а от латинского слова. В основе лежит латинское prudens (родительный падеж — prudentis), что значит «благоразумный», «рассудительный», «осторожный». Форма на -ус — это типичное окончание латинских существительных мужского рода второго склонения, которое в русском языке закрепилось в виде кальки. То есть Прудеус — это почти дословно «Благоразумный» или «Осторожный».

Как такое могло попасть в русскую фамилию? Вероятнее всего, это семинарская фамилия. В духовных училищах и академиях XVIII–XIX веков было принято давать будущим священникам «благозвучные» фамилии на греческий или латинский манер. Семинаристу с живым умом или, наоборот, с медлительным и осмотрительным характером могли присвоить фамилию Прудеус — как перевод или характеристику. Такие фамилии часто были искусственными, книжными, и не имели отношения к роду занятий предков, а отражали личные качества первого носителя в стенах учебного заведения.

По суффиксальной модели это не типичная русская фамилия (нет суффиксов -ов/-ев, -ин, -ский). Окончание -ус сразу выдает её нерусское происхождение. Встречается она крайне редко, географически может быть привязана к регионам, где были сильны духовные школы, — например, к Киевской, Черниговской или Подольской губерниям, а также к центральной России. Учитывая искусственный характер, в крестьянской или мещанской среде она почти не бытовала.

Есть вероятность, что фамилия могла возникнуть и в среде польской шляхты, где латинизированные прозвища тоже встречались, но для России семинарское происхождение — главная и самая правдоподобная версия. Споров вокруг корня нет: латинская основа очевидна, альтернативных славянских или тюркских объяснений у слова «прудеус» не существует.