Фамилия Пруниця — редкая и неочевидная для русского уха. Её происхождение, скорее всего, связано с украинским или западнорусским ареалом, где суффикс -иц(я) встречается чаще, чем в северных говорах. В основе лежит имя или прозвище Прун, которое могло образоваться от глагола «прунить» — в некоторых диалектах это значит «упрямиться, артачиться» или «бодро идти, пыжиться». Соответственно, Пруниця — буквально «сын или потомок Пруна», причём суффикс -иц(я) в украинской традиции мог оформлять не только отчества, но и прозвища с оттенком ласкательности или уменьшительности.

Есть и другая версия, менее вероятная, но допустимая: связь с польским словом «prun» (слива) или «prunica» (сливница). В этом случае фамилия могла указывать на место жительства у сливового сада или на занятие — садоводство, торговлю сливами. Однако для славянских фамилий такая «растительная» основа с суффиксом -иц(я) нетипична, и версия с личным прозвищем выглядит убедительнее.

Фамилия не получила широкого распространения и не попала в основные справочники русских фамилий, что говорит о её локальном бытовании. Скорее всего, носители Пруниця — выходцы из Западной Украины, Полесья или приграничных с Польшей районов Беларуси. Встречаются единичные упоминания фамилии в метрических книгах Волынской и Гродненской губерний XIX века, где она записана как Пруниця или, реже, Пруница — с твёрдым окончанием, что подчёркивает её западнорусское происхождение.

Социальный состав носителей, судя по контексту, — крестьяне и мещане. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано. В современной России фамилия практически не встречается, что подтверждает её узкую региональную привязку.