Фамилия Прунцова образована от прозвища Прунец, и это редкий случай, когда за простой на первый взгляд основой скрывается сразу две версии происхождения, причём обе ведут в разные языки.

Наиболее вероятное объяснение связывает прозвище Прунец с польским словом pruc — «пороть, распарывать, распускать», а также «рассекать, резать» или даже «жарить». Такая многозначность типична для диалектной лексики, но в ономастике подобные глагольные основы чаще всего указывают на род занятий. Скорее всего, Прунцом называли человека, чья работа была связана с резкой, рассечением или распарыванием: портного, скорняка, мясника или ремесленника, работавшего с кожей и тканью. Профессиональные прозвища были широко распространены в среде ремесленников, и фамилия Прунцова, таким образом, могла закрепиться за потомками человека, известного своим мастерством.

Согласно второй, менее распространённой версии, в основе прозвища лежит итальянское слово pruno — «шип, колючка». В этом случае прозвище носило бы не профессиональный, а индивидуальный характер: так могли прозвать человека с колючим, неуживчивым характером или, напротив, того, кто жил в местности, изобилующей колючими кустарниками. Однако эта гипотеза выглядит менее убедительной: для русских говоров и ономастики более естественно заимствование из близкого славянского языка, чем из итальянского, которое могло попасть в обиход лишь через редкие торговые или культурные контакты.

Сама фамилия построена по типичной для русских фамилий модели: к основе Прунец добавляется фамильный суффикс -ов, а окончание -а указывает на женскую форму. Изначально Прунцова — это жена или дочь Прунца, и лишь со временем форма закрепилась как самостоятельная фамилия. Мужской вариант — Прунцов.

Интересно, что фамилия сохранила в себе архаичное окончание, которое в современном русском языке воспринимается как принадлежащее к твёрдому типу склонения, хотя исходное прозвище Прунец звучало мягче. Это типичный пример того, как живая речь и письменная фиксация фамилий в документах расходились: писарь мог записать прозвище на слух, и со временем форма с -ов закрепилась именно в таком виде.