Фамилия Прыгунец — редкий пример фамилии, образованной не от профессии или имени, а от прозвища по физическому качеству или поведению. В её основе лежит глагол «прыгать». Прямое значение прозвища Прыгунец — тот, кто хорошо прыгает, скачет, подвижный, непоседливый человек. В говорах слово «прыгун» могло относиться и к тому, кто суетлив, вертляв, не стоит на месте. Суффикс «-ец» в данном случае указывает на лицо — носителя признака, то есть «прыгунец» буквально значит «прыгающий человек».

Обращает на себя внимание суффиксальная модель. Фамилии на «-ец» в русской ономастике встречаются заметно реже, чем на «-ов» или «-ин». Они характерны для украинской и белорусской традиции, а также для южнорусских областей. Поэтому Прыгунец — скорее украинская или западнорусская фамилия, нежели типично московская или северная. В украинском языке слово «прыгунець» (стрибунець) также означает прыгуна или кузнечика, что могло стать параллельным источником прозвища.

Вторая, менее вероятная версия связывает фамилию с прозвищем Прыгунок — так в некоторых местах называли человека маленького роста или ребёнка, который много прыгает. Но форма «Прыгунец» может быть и уменьшительной: «маленький прыгун». В пользу этой гипотезы говорит то, что в русских говорах слово «прыгунец» фиксируется как название детской игры или игрушки-попрыгунчика.

Сословно фамилия не аристократическая. Прыгунцы — почти наверняка крестьяне или мещане, получившие фамилию по уличному прозвищу при переписях XIX века. В дореволюционных справочниках эта фамилия единична. Географически она тяготеет к Черниговской, Киевской и Полтавской губерниям, а также к югу России — Курской и Воронежской областям.

В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» модель на «-ец» описана как продуктивная для украинского языка, но редкая для великорусского. Фамилия Прыгунец — наглядный пример этого различия. Если встретите однофамильца, скорее всего, его корни — из Малороссии или Черноземья, а предок был не кузнецом и не бондарем, а просто живым, быстрым человеком, за которым закрепилось прозвище.