Фамилия Пугонен — редкий пример фамилии, которая почти наверняка не русская по происхождению, а финская или карельская. Об этом говорит суффикс -нен, типичный для фамилий Финляндии, Карелии и Ингерманландии (территории вокруг Петербурга). В русском языке такие фамилии нередко получали остзейские крестьяне или переселенцы с севера, поэтому искать корни фамилии стоит не в центральных губерниях, а на северо-западе России и в Финляндии.

Основа фамилии — «пуго» или «пугу», что в финском языке (puhua — «говорить», или puku — «одежда») напрямую не даёт однозначного прозвища. Вероятнее, что в основе лежит диалектное или древнекарельское слово, обозначавшее либо «пугало» (что-то пугающее), либо искажённое прозвище по профессии. Например, «пугонен» могло означать «сын того, кто пугает» — возможно, сторожа или лесника, отпугивавшего зверей. Менее вероятна, но возможна связь с русским диалектным «пуга» (кнут, плеть) — тогда фамилия могла бы указывать на пастуха или возницу.

Важно: в отличие от русских фамилий на -ов/-ев или -ин, финские фамилии на -нен не передают принадлежность отцу или роду в привычном смысле. Суффикс -nen в финском языке означает «маленький» или «принадлежащий к чему-то», поэтому Пугонен — буквально «маленький пуго» или «из рода Пуго». Это типичная модель для финских фамилий, которые часто образовывались от прозвищ, названий местности или профессий.

В России фамилия Пугонен встречается крайне редко, в основном в Ленинградской области, Карелии и среди потомков ингерманландских финнов. В Финляндии она тоже не распространена — скорее всего, это локальный вариант, который мог возникнуть в среде карельских переселенцев. Сословная принадлежность носителей фамилии в XIX веке — почти всегда крестьяне или мещане, так как финские фамилии у дворян были редкостью.

Таким образом, Пугонен — не русская, а финно-угорская фамилия, указывающая на происхождение предков из северо-западных регионов, вероятно, связанных с Карелией или Ингерманландией. Точное значение исходного прозвища остаётся неясным, но наиболее правдоподобная версия — «пугающий» или «сторож».