Фамилия Пугонин — из числа тех, что образованы от прозвища, но её корень не так прост, как кажется на первый взгляд. Основа здесь — «пуг-», а суффикс «-ин» указывает на принадлежность: «чей?» — Пугонин, то есть сын или потомок Пугони.

Самая прямая и очевидная версия — происхождение от глагола «пугать». Прозвище Пугоня (или Пуга) могли дать человеку пугливому, боязливому. В русских говорах слово «пуга» означало не только «страх», но и «пугало», «чучело» на огороде. В этом случае прозвище могло быть ироничным — так могли назвать не пугливого, а, наоборот, того, кто сам всех пугал или выглядел устрашающе. Подобный перенос смысла часто встречается в народной антропонимии: задиру называли Тихоном, а труса — Храбром.

Есть и менее распространённая, но лингвистически возможная версия: связь с диалектным словом «пуга» в значении «кнут» или «плеть». В этом случае Пугоня — прозвище пастуха или погонщика скота, человека, который постоянно орудовал кнутом. Однако глагол «пугать» и производные от него слова в фамилиях встречаются гораздо чаще, чем названия орудий труда. Поэтому версия с «пугливым» или «пугающим» предком выглядит предпочтительнее.

Модель образования на «-оня» (Пуга → Пугоня) характерна для северных и центральных областей России. Такие прозвища были ласкательными или бытовыми, сокращёнными формами от более длинных имён или прозвищ. В данном случае Пугоня — это уменьшительное от Пуга, а Пугонин — уже отчество от этого уменьшительного имени.

Интересно, что фамилия Пугонин не имеет отношения к известной фамилии Пугачёв. Пугачёв происходит от имени Пугач (филин, а также прозвище человека с большими глазами или ночного образа жизни), а Пугонин — от «пугать». Это разные корни, хотя звучат похоже. Встречается фамилия редко, сосредоточена в основном в Поволжье и на Урале, что косвенно подтверждает её севернорусские корни — именно оттуда шло заселение этих регионов.