Фамилия Пугонина — женская форма фамилии Пугонин, а та, в свою очередь, образована от прозвища или нецерковного имени Пугоня. Это типичная модель для русских фамилий на -ин: суффикс указывает на принадлежность («чей?» — сын Пугони). В основе лежит имя, которое, скорее всего, связано с диалектным глаголом «пугать» или «пужать». В северных и сибирских говорах «пугоней» могли называть пугливого, боязливого человека или, наоборот, того, кто любит пугать других — в зависимости от интонации прозвища.

Менее вероятная, но возможная версия — связь со словом «пуга» (кнут, плеть, а также пугало). В этом случае Пугоня — это человек, который либо делал кнуты, либо работал с ними (например, погонял лошадей). Однако такая трактовка встречается реже, потому что суффикс -оня (-уня) в русской антропонимии чаще образует ласкательные или уменьшительные формы от глагольных корней (ср. Болтуня, Ворчуня), нежели от предметных.

Фамилия редкая, нераспространённая. Очаги бытования, судя по данным современных телефонных справочников и архивов, тяготеют к Волго-Вятскому региону и Уралу. Встречается в Кировской области и Пермском крае. Это объяснимо: в этих местах долго сохранялись архаичные говоры, где слово «пугоня» могло бытовать как обиходное прозвище.

В дореволюционных источниках фамилия почти не фиксируется — это говорит о её позднем закреплении, вероятно, уже в XIX веке, когда крестьяне массово получали фамилии. Пугонины, скорее всего, были государственными или помещичьими крестьянами, а не дворянами: фамилии на -ин от прозвищ характерны для простонародья. Сословной элиты с такой фамилией не известно.