Фамилия Пухкая звучит нехарактерно для русского уха — она не укладывается в привычные модели на -ов, -ин или -ский. И это подсказка: перед нами, скорее всего, фамилия финно-угорского происхождения, а точнее — карельского, ижорского или вепсского. В этих языках слово «puhkua» означает «пыхтеть, тяжело дышать, сопеть». Прозвище Пухка или Пухкя могли дать человеку с заметной одышкой, полному или просто шумному, сопящему. Фамилия образована по модели, типичной для прибалтийско-финских народов: основа + окончание -я как указание на принадлежность или признак.

В русских документах такие фамилии встречаются на северо-западе — в Ленинградской области, в Карелии, а также среди ингерманландских финнов. В дореволюционных переписях можно найти Пухкаевых, Пухкиных и Пухкайнен — все они однокоренные. Пухкая, вероятно, русифицированная форма от карельского «Puhkaja» (тот, кто пыхтит). Ударение, судя по произношению в тех краях, падает на первый слог: Пу́хкая.

Вторая, менее вероятная версия связывает фамилию с эстонским «puhas» — «чистый». Но тогда логичнее была бы форма Пухкас или Пухкасмяги. Первая гипотеза — с «пыхтением» — выглядит убедительнее, потому что прозвища по физическим особенностям давали часто, и они легко переходили в фамилии у финно-угров, у которых не было стойкой традиции дворянских родовых имен.

Сословно носители фамилии Пухкая — почти наверняка крестьяне или мещане из Олонецкой губернии или с Карельского перешейка. Среди известных людей фамилия не мелькает, что тоже говорит о её локальном, деревенском корне. Сегодня она редкая, но встречается в России, Финляндии и среди потомков ингерманландцев в Эстонии.