Фамилия Пухкий — редкий случай, когда прозвище перешло в фамилию почти без изменений, сохранив свою первоначальную форму прилагательного. В отличие от подавляющего большинства русских фамилий на -ов, -ев или -ин, она образована по модели, характерной для украинских, белорусских и южнорусских говоров: суффикс -ий указывает на прямое прозвище, которое не успело обрасти дополнительными фамильными суффиксами.

Основа фамилии — слово «пухкий». В русских диалектах у этого прилагательного было два основных значения. Первое — «мягкий, рыхлый, пышный», например, о свежеиспечённом хлебе или о пуховой перине. Второе, переносное — «полный, пухлый, с мягкими чертами лица». Скорее всего, прозвище Пухкий дали человеку с плотным телосложением или с округлым, мягким лицом. В некоторых говорах слово могло относиться к человеку медлительному, «рыхлому» в движениях.

Географически фамилия тяготеет к западу и югу России, а также к Украине. В центральных и северных областях России такое прозвище чаще превратилось бы в Пухов или Пухлов — через добавление типичного суффикса. Сохранение формы Пухкий указывает на регион, где прилагательные в роли фамилий были нормой: Смоленщина, Брянщина, Курская или Белгородская области, а также Украина. В украинском языке слово «пухкий» звучит так же и имеет те же значения.

Встречаются однокоренные фамилии — Пухов, Пухлов, Пухкалов. Но Пухкий стоит особняком: он не «сын Пухкого» (как Пухов), а сам Пухкий. Это говорит о том, что фамилия могла закрепиться за одним человеком или родом в условиях, когда официальная запись прозвища в документы производилась без изменений — например, в казачьей среде или среди однодворцев, где фамилии часто фиксировались «как слышались».

Точных исторических сведений о времени возникновения фамилии нет. Можно предположить, что она оформилась не позднее XVII–XVIII веков, когда прозвища начали массово переходить в наследственные фамилии. Носителей фамилии Пухкий в современной России немного — это редкая, локальная фамилия, сохранившая архаичную словообразовательную модель и прямую связь с диалектным прозвищем предка.