Фамилия Пухкой — редкий случай, когда окончание не даёт сразу понять, где основа, а где суффикс. На слух она воспринимается как прилагательное в творительном падеже («пухкой»), но на деле это застывшая форма именительного падежа с суффиксом -ой, который в русских фамилиях встречается нечасто и почти всегда указывает на прозвищное происхождение.

Основа здесь — «пух». Самое прямое объяснение: прозвище Пухкой дали человеку за мягкость, пухлость, рыхлость телосложения или за очень светлые, пушистые волосы. В диалектах «пухкой» означало не только «пушистый», но и «рыхлый, неплотный» — так могли сказать о ленивом, медлительном человеке или о том, кто легко поддаётся чужому влиянию. В отличие от фамилии Пухов (где суффикс -ов указывает на принадлежность: «сын Пуха»), форма на -ой — это напрямую прозвище, которое закрепилось за человеком без патронимического оформления.

Версия о связи с глаголом «пухать» (устаревшее «дуть, веять») маловероятна для фамилии: производные от звукоподражаний обычно дают основы вроде Пыха, Пушка, а не Пухкой.

Географически фамилия тяготеет к северо-западным областям России — Псковской, Новгородской, Ленинградской. Там суффикс -ой в прозвищах и фамилиях встречается чаще, чем в центральных и южных регионах. Например, в тех же краях бытуют фамилии Толстой, Косой, Глухой — все той же модели.

В дореволюционных переписях Пухкой могла писаться через «о» (Пухкой) или через «а» (Пухкай) — в зависимости от местного произношения. Церковные книги иногда фиксировали вариант Пухков, если священник «переводил» прозвище в более привычную патронимическую форму.

Сейчас фамилия остаётся крайне малочисленной. Среди известных носителей нет громких имён — это фамилия, которая сохранилась в глухих деревнях и не получила широкого распространения в городах. Для потомков это знак, что их предок, скорее всего, был крестьянином или ремесленником из северных губерний, а его внешность или характер дали повод для такого запоминающегося прозвища.