Фамилия Пухтинский — редкий пример, где за привычным окончанием скрывается не польская, а самая что ни на есть русская история. Суффикс -ский, который чаще всего указывает на дворянское или польское происхождение, здесь работает скорее как топонимический маркер: такую фамилию получали выходцы из села или деревни с названием Пухтино, Пухтичи или Пухтинка. Подобные названия разбросаны по центральной России и Беларуси, и в основе их лежит не «пух» как мягкий материал, а неканоническое прозвище Пухта или Пухтя.

Разобраться с корнем сложно. Слово «пухта» в старых диалектах могло означать не только нечто рыхлое, но и человека тщедушного, слабого или, наоборот, надутого и важного. В псковских и тверских говорах «пухтя» — это медлительный, неповоротливый человек. Прозвище давали по внешности или характеру: либо за излишнюю мягкость и бесхарактерность, либо за склонность к полноте и рыхлости. Версия с прозвищем «Пухта» выглядит убедительнее, чем попытки вывести фамилию от птицы пухляка или от славянского бога Пухтича — последний в реальных источниках не зафиксирован.

Модель образования проста: к основе Пухт- добавили суффикс принадлежности -ин-, а затем типичный для переселенцев суффикс -ский. Таким образом, Пухтинский буквально означает «выходец из семьи Пухтиных» или «житель Пухтина». Встречаются и варианты написания: Пухти́нский с ударением на второй слог и Пу́хтинский с ударением на первый. Второй вариант ближе к исходному прозвищу, первый — к топониму.

Фамилия не относится к числу массовых. В дореволюционных переписях Пухтинские встречаются в основном среди крестьян и мещан западных губерний — Витебской, Могилёвской, Смоленской. В дворянских родословных книгах она не значится, так что носители фамилии — потомки крестьян, переселившихся из деревни в город и взявших фамилию по месту прежнего жительства. Никаких громких исторических фигур с такой фамилией не известно, что вполне объяснимо: фамилия редкая и локальная.