Фамилия Пухтина — женская форма фамилии Пухтин, и её происхождение напрямую связано с мужским прозвищем или именем Пухта. Чаще всего в основе лежит слово «пух»: так могли прозвать мягкого, пухлого, полного человека, либо того, кто работал с пухом и пером (например, скорняка, набивавшего перины, или торговца пухом).

Модель образования здесь — типичная для русского Севера и Поволжья. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Пухтин, то есть сын или потомок Пухты. В этом смысле Пухтина — «дочь Пухты» или «жена Пухтина». Однако в современном русском языке фамилия уже не меняется по родам: женщина остаётся Пухтиной независимо от семейного положения.

Вторая, менее вероятная версия — связь с глаголом «пухнуть» (опухать, раздуваться). В таком случае прозвище Пухта мог получить человек с отёчным лицом или склонный к полноте. Но эта гипотеза слабее, потому что в говорах «пухта» чаще означала именно пух, пушнину или рыхлый снег (диалектное «пухта» — мягкий, свежий снег). Есть также редкое диалектное слово «пухта» — «болтун, пустомеля», но оно фиксируется только в отдельных областях.

Географически фамилия Пухтин/Пухтина встречается нечасто, с заметным скоплением в Вологодской и Архангельской областях, а также в Пермском крае. Это косвенно подтверждает северное происхождение: прозвища на -а (Пухта, Мякина, Гуля) характерны для новгородских и поморских земель.

По сути, фамилия Пухтина — типичный пример «домашнего» прозвища, которое закрепилось за родом. Предки носительницы фамилии — скорее всего, крестьяне или ремесленники, получившие прозвище по внешности или роду занятий. В дворянских родословных эта фамилия не отмечена.