Фамилия Пундуре — редкая и неочевидная для русского уха. Её происхождение почти наверняка не славянское, а балтийское или западнофинское. В русском языке фамилия выглядит как застывшая форма на -е, что нетипично для исконно русских фамилий, которые чаще оканчиваются на -ов, -ин, -ский. Окончание -е указывает либо на латышскую (Pundure), либо на эстонскую (Pundure) основу, где фамилии часто не склоняются по падежам.

Корень слова, скорее всего, связан с латышским «punduris» — «карлик, гном». В латышском языке это слово обозначает не только мифологическое существо, но и низкорослого человека. Прозвище Пундурис (или Пундуре) могли дать человеку невысокого роста — в балтийской среде прозвища по внешним признакам были обычным делом. В эстонском языке есть похожее слово «põnder» (устар., «коротышка»), но связь менее прямая.

Вероятность того, что фамилия происходит от географического названия, невелика: топонимов Пундуре в известных источниках не зафиксировано. Но если предки носителя фамилии были латышами или эстонцами, жившими на территории Российской империи (например, в Курляндской или Лифляндской губерниях), то фамилия могла быть русифицирована через окончание -е, которое в русских документах XIX века часто записывали без изменений. В таком случае исходная форма — Пундурис.

Словообразовательная модель проста: основа «пундур-» + окончание -е (в латышском — суффикс женского рода, но в фамилиях он может быть и мужским). В русском контексте фамилия не склоняется, что затрудняет её анализ по стандартной схеме. Если бы фамилия была русской, её бы записали как Пундуров или Пундурин, но этого не произошло — значит, корни уходят за пределы славянского мира.

Фамилия Пундуре встречается крайне редко, в основном среди потомков балтийских переселенцев. Носители могли быть крестьянами или мелкими ремесленниками — прозвища по внешности давали людям любого сословия, но в дворянской среде такие фамилии почти не фиксируются.