Фамилия Пунденко — характерный пример украинской модели фамильного суффикса -енко, который означает «маленький», «сын» или «потомок». В XVII–XVIII веках такие фамилии массово закреплялись на Левобережной и Слободской Украине, входившей в состав Речи Посполитой, а затем Российской империи. Суффикс -енко указывает, что Пунденко — это «сын Пундя» или «потомок человека по прозвищу Пунда».

Основа фамилии — Пунд(я) — сложна для однозначной трактовки. Прямых аналогов в древнерусских именах или распространённых прозвищах нет. Наиболее вероятная версия связывает её с диалектным глаголом «пундеть» (или «пундюрить»), который в некоторых южнорусских и украинских говорах означал «бормотать», «ныть» или «говорить невнятно». Соответственно, Пундя — прозвище неразговорчивого, ворчливого или невнятно выражающегося человека. Такие прозвища по особенностям речи — частый источник украинских фамилий (ср. Гугня, Мямля, Бурчало).

Менее убедительна гипотеза о заимствовании из немецкого или польского: например, от немецкого Pfund (фунт) или польского pęd (побег, гон). Но для украинской народной среды такие корни нетипичны, а фамилия Пунденко не встречается в западных регионах, где польское влияние сильнее. Географически она сосредоточена в центральной и восточной Украине — в Черкасской, Полтавской, Днепропетровской областях.

Других формантов, кроме -енко, в фамилии нет: окончание -о — типичное для украинских фамилий на -енко, а не русское окончание -ов. Сословно Пунденко — почти наверняка крестьянская или казацкая фамилия, поскольку суффикс -енко в XVII–XIX веках был основным для непривилегированных слоёв населения. Дворянские ветви с такой фамилией не фиксируются.

Встречаются и варианты написания — Пундинко (с изменением суффикса под влиянием русской канцелярии) или Пундюк (с другим суффиксом, но той же основой). Если ваши предки носили Пунденко, скорее всего, они происходят из среды украинских крестьян или казаков, а само прозвище предка указывало на его привычку ворчать или говорить невнятно.